Stagiaire Bioinformatique Identification de biomarqueurs par approches statistiques et ML

Contexte

Notre équipe développe PHAREOM, une plateforme multi-omique intégrant des pipelines d’analyse transcriptomique, génomique et protéomique, ainsi qu’un volet dédié à l’identification de biomarqueurs. Dans ce cadre, nous recherchons un(e) stagiaire de Master 2 en bioinformatique pour nous accompagner dans la consolidation de nos pipelines biomarqueurs et de leur processus de validation.

Missions principales

Le/la stagiaire participera activement à la structuration et à l’industrialisation du volet biomarqueurs de PHAREOM. Les missions incluront :

→   Identification, téléchargement et structuration de plusieurs jeux de données de référence multi-omiques.

→   Test des pipelines d’identification de biomarqueurs (approches statistique et apprentissage automatique) sur ces jeux de données.

→   Test d’autres pipelines d’analyses omiques, selon les besoins de l’équipe et l’avancée des développements.

→   Développement de briques bioinformatiques selon les besoins.

→   Contribution à la mise en place de démonstrations représentatives des capacités de la plateforme en lien avec l’équipe Business Development.

→   Documentation du travail selon les conventions de l’équipe.

Votre place dans l’équipe

Vous serez intégré(e) dans une équipe de bioinformaticien(ne)s aux expertises complémentaires, et travaillerez sur la partie R&D de notre plateforme d’analyse multi-omique.

→   Master 2 en bioinformatique, biologie computationnelle ou data science appliquée aux sciences de la vie.

→   Bonnes bases en génomique et/ou transcriptomique et/ou protéomique.

→   Maîtrise de Python et/ou R ; expérience avec un gestionnaire de workflows appréciée.

→   Notions de conception de bases de données.

→   Autonomie, rigueur scientifique, goût pour la documentation et le travail reproductible.