Peptide Design&Target Team Lead

Micropep is building a more sustainable agriculture for future generations. We develop natural crop protection solutions based on the incredible potential of micropeptides, small, naturally occurring protein molecules that target and regulate plant genes and proteins. We are building the next generation of sustainable solutions for farmers who care about their crops and the future of our planet.

Micropep was founded in 2016 as a spin-off from the “LRSV”, a French plant research laboratory of the French National Centre for Scientific Research (CNRS) and the University of Toulouse, an AgriTech center of excellence. To date, Micropep has raised nearly $60 million from leading European and U.S. investors and began its expansion to the United States in 2022.

We are a team of more than 50 accomplished and driven people from a wide range of scientific, technical, and business backgrounds. We are united by our desire to make a positive impact on our planet. Together, we are revolutionizing crop protection through our proprietary micropeptide technology.

You will join an interdisciplinary R&D team where Artificial Intelligence is the central engine of our active-molecule discovery.

ESSENTIAL DUTIES & RESPONSIBILITIES

• Oversee the management of AI experts, chemo-computer scientists, bioinformaticians, ensuring their work aligns with project objectives and timelines.

• Maintaining a scientific and technical watch and staying abreast of the state-of-the-art in the fields of protein structure prediction and peptide and protein design, from both global research and industrial perspectives.

• Define roadmaps

• Foster a culture of data-driven decision-making within the team

• Accountable for the delivery of the work on time in full and with high-quality standards.

• Ensure efficient communication with peers and Project Management Office

• Contribute proactively to Innovation and Research & Development projects

• Ensure alignment between personal development and business needs

• Implementation of OKRs and KPIs tracking

• Conduct performance reviews

• Define and follow budget

• Experience using PyMOL or Chimera is preferred.

• Listening comprehension in French is a plus but not required.
  
  CONDITIONS

• Permanent contract

• Based at Auzeville-Tolosane (Toulouse Area, France) with partial homeworking (2 days)
  

  Micropep construit une agriculture plus durable pour les générations futures. Nous développons des solutions naturelles de protection des cultures fondées sur l’incroyable potentiel des micropeptides, de petites molécules protéiques naturellement présentes qui ciblent et régulent les gènes et les protéines des plantes. Nous créons la prochaine génération de solutions durables pour les agriculteurs soucieux de leurs cultures et de l’avenir de notre planète.

  Micropep a été fondée en 2016 en tant que spin-off du LRSV (Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales), laboratoire français de recherche sur les plantes du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et de l’Université de Toulouse, pôle d’excellence en AgriTech. À ce jour, Micropep a levé près de 60 millions de dollars auprès d’investisseurs européens et américains de premier plan et a entamé son expansion aux États-Unis en 2022.

  Nous sommes une équipe de plus de 50 collaborateurs talentueux et engagés, issus d’horizons scientifiques, techniques et commerciaux variés. Nous sommes unis par notre volonté d’avoir un impact positif sur notre planète. Ensemble, nous révolutionnons la protection des cultures grâce à notre technologie propriétaire basée sur les micropeptides.

  Vous rejoindrez une équipe de R&D interdisciplinaire au sein de laquelle l’Intelligence Artificielle constitue le moteur central de notre découverte de molécules actives.

  PRINCIPALES MISSIONS ET RESPONSABILITÉS

  Vous serez responsable de l’équipe « Peptide Design & Target ». Votre équipe est en charge de :

  • La sélection et la caractérisation des cibles pour la conception de peptides ;

  • La conception de peptides destinés aux campagnes de screening ;

  • L’exploitation de l’IA pour accélérer l’identification des molécules candidates ;

  • La mise en œuvre d’un apprentissage continu (cycle DMTA / boucle Design-Test-Learn) afin d’améliorer les performances des conceptions et des modèles prédictifs.

  Vous serez responsable du management de l’équipe ainsi que de la conception des peptides.

  Management d’équipe

  • Superviser les experts IA, les chimio-informaticiens et les bio-informaticiens afin de garantir l’alignement de leurs travaux avec les objectifs et les délais des projets ;

  • Assurer une veille scientifique et technologique continue et rester à la pointe de l’état de l’art dans les domaines de la prédiction de structure des protéines ainsi que de la conception de peptides et de protéines, tant du point de vue académique qu’industriel ;

  • Définir les feuilles de route ;

  • Promouvoir une culture de prise de décision fondée sur les données au sein de l’équipe ;

  • Garantir la livraison des travaux dans les délais, en intégralité et selon des standards de qualité élevés ;

  • Assurer une communication efficace avec les pairs et le Project Management Office ;

  • Contribuer de manière proactive aux projets d’Innovation et de Recherche & Développement ;

  • Veiller à l’alignement entre le développement des collaborateurs et les besoins de l’entreprise ;

  • Mettre en œuvre et suivre les OKR et KPI ;

  • Réaliser les entretiens de performance ;

  • Définir et suivre le budget.

  Conception de peptides assistée par l’IA

  • Concevoir et optimiser des candidats peptides à l’aide de techniques avancées de biologie computationnelle et d’intelligence artificielle ;

  • Fournir des méthodologies et des capacités de pointe pour la conception et l’optimisation des peptides, la prédiction des interactions peptide/protéine, en s’appuyant sur les approches de bio-informatique, de chimio-informatique et sur les algorithmes les plus récents d’apprentissage automatique ;

  • Travailler avec les experts IA afin d’orienter le développement des modèles de Machine Learning et Deep Learning ;

  • Identifier et proposer des cibles pertinentes en collaboration avec les autres équipes scientifiques ;

  • Caractériser et valider ces cibles pour la conception de peptides ;

  • Assurer une veille active dans les domaines de l’IA, de la conception moléculaire, etc.

  Développement industriel de la chaîne de conception « Design-to-Target »

  • Concevoir, développer, construire et maintenir les pipelines de conception de peptides, en mettant l’accent (sans s’y limiter) sur les aspects structuraux et conformationnels ;

  • Réaliser des analyses structurales approfondies des systèmes étudiés (détection de poches, analyse détaillée des interfaces protéine/protéine, études de poses de docking, etc.) ;

  • Collaborer avec d’autres entreprises spécialisées dans la conception de peptides et de protéines afin de développer des partenariats ou mener des projets communs.

QUALIFICATIONS ET EXPÉRIENCE

Profil requis

• Doctorat (Ph.D.) en chimie computationnelle, modélisation moléculaire, biologie structurale, apprentissage automatique (Machine Learning) ou domaine connexe, avec de solides bases théoriques démontrées par des contributions à des revues scientifiques de premier plan ; ou combinaison équivalente de formation et d’expérience ;

• Au moins 3 ans d’expérience pratique (l’industrie étant privilégiée) dans la conception de peptides, les interactions protéine-peptide (PPI), la découverte de médicaments ou de produits biologiques basée sur la structure, ou un domaine voisin de la biologie computationnelle ;

• Expertise démontrée dans les outils modernes de prédiction de structure et de conception de protéines, notamment AlphaFold / AF-Multimer, ProteinMPNN, RFdiffusion, BindCraft, BoltzGen, Rosetta ainsi que les outils de docking de peptides basés sur la physique (ex. AutoDock CrankPep) ; capacité à évaluer de manière critique, comparer et intégrer de nouveaux outils à mesure que le domaine évolue ;

• Solides connaissances en Deep Learning / Machine Learning (embeddings, transfer learning, etc.) ainsi que d’autres approches de modélisation (QSAR, etc.) ;

• Excellente maîtrise des techniques de modélisation moléculaire : docking, dynamique moléculaire et méthodes d’échantillonnage avancées, modélisation par homologie, criblage virtuel, conception basée sur les structures et les ligands ;

• Excellentes compétences en programmation scientifique (Python obligatoire) et familiarité avec les environnements de calcul haute performance (HPC) et GPU ; aisance avec les outils de développement assistés par IA (Copilot, Cursor, Claude Code, etc.) ;

• Une expérience avec AWS (EC2, Lambda, GPU, etc.) est fortement appréciée ;

• Capacité à mener des analyses approfondies et à présenter les résultats et conclusions à des publics scientifiques comme non scientifiques (équipe de direction, conseil d’administration, etc.) ;

• Solides connaissances en Deep Learning / Machine Learning (embeddings, transfer learning, etc.) et autres méthodes de modélisation (QSAR, etc.) ;

• Capacité démontrée à travailler efficacement dans des équipes multidisciplinaires et avec des partenaires externes, avec un fort esprit de collaboration et de communication ;

• Excellentes compétences de communication écrite et orale (anglais obligatoire), notamment avec des interlocuteurs non spécialistes ;

• Rigueur, sens du détail et pragmatisme ;

• Bonnes capacités d’organisation et aptitude à optimiser l’environnement de travail (processus, procédures, etc.) ;

• Forte motivation personnelle, curiosité intellectuelle et capacité à évoluer dans un environnement de start-up dynamique, multidisciplinaire et collaboratif ;

• Capacité à gérer plusieurs projets avec des échéances simultanées ;

• Excellentes aptitudes à la résolution de problèmes.

Profil souhaité

• Une expérience avec les systèmes flexibles (linkers, peptides courts, protéines intrinsèquement désordonnées – IDPs) est fortement appréciée ;

• Une expérience avec PyMOL ou Chimera est souhaitée ;

• La compréhension du français à l’oral constitue un atout mais n’est pas obligatoire.

CONDITIONS

• Contrat à durée indéterminée (CDI) ;

• Poste basé à Auzeville-Tolosane (région toulousaine, France) avec possibilité de télétravail partiel (2 jours par semaine).