Stage - Développement et évaluation d'une plateforme en ligne de modélisation prédictive en toxicoci

Unité NAHE

Le stage proposé s’effectuera au sein de l’unité Nouvelles Approches pour la protection de la santé humaine et environnementale (NAHE) de l’Ineris. L’unité compte 8 permanents travaillant dans des projets nationaux et internationaux, portant aussi bien sur des approches expérimentales in vitro que sur des méthodes de modélisation moléculaire et toxicocinétique. Le développement de ces modèles est un pilier des activités de recherche de cette unité et un appui aux décisions des politiques. L’unité travaille dans le cadre de projets nationaux et internationaux combinant approches expérimentales et méthodes de modélisation en toxicologie et en toxicocinétique. Elle développe notamment des modèles mathématiques et des outils numériques destinés à mieux caractériser l’exposition interne aux substances chimiques et à soutenir leur évaluation des risques. Les travaux mobilisent principalement les environnements R et GNU MCSim (langage C), ainsi que des interfaces web dédiées à la simulation et à la visualisation des résultats.

Contexte et objectifs du stage

Les modèles toxicocinétiques permettent de décrire et de prédire l’évolution d’une substance dans un organisme en tenant compte des processus d’absorption, de distribution, de métabolisme et d’élimination. Leur mise à disposition dans des plateformes en ligne facilite leur utilisation par des scientifiques et des évaluateurs des risques qui ne disposent pas nécessairement d’une expertise approfondie en programmation.

Dans le cadre d’un projet européen, une plateforme web de modélisation prédictive, TKPlate, développée par l’EFSA, est actuellement en cours d’évolution. Elle vise à rendre accessibles différents modèles toxicocinétiques et de bioaccumulation, des données physiologiques et des outils d’aide à la paramétrisation, dans un environnement transparent, documenté et reproductible. De nouveaux modèles doivent être sélectionnés, adaptés et mis à disposition, tandis que les fonctionnalités existantes doivent être testées au moyen de scénarios réalistes d’évaluation des risques.

Le stage contribuera à cette démarche par la réalisation de plusieurs études de cas. Celles-ci serviront à vérifier le fonctionnement de la plateforme, à évaluer la cohérence des résultats produits, à documenter les domaines d’application et les limites des modèles, et à formuler des recommandations destinées aux futurs utilisateurs. Les études de cas porteront sur des contaminants alimentaires choisis en fonction des modèles étudiés, de la disponibilité des données nécessaires à leur paramétrisation et de l’existence de données toxicocinétiques permettant de confronter les prédictions aux observations.

En parallèle, la personne recrutée participera à la préparation et à la mise à disposition de nouveaux modèles au sein de la plateforme : vérification des codes et des paramètres, structuration des données d’entrée et de sortie, préparation d’exemples d’utilisation, tests fonctionnels et contribution à la documentation scientifique et technique. Le travail sera mené en interaction avec les modélisateurs impliqués dans le projet et avec l’équipe chargée du développement informatique de la plateforme.

Missions

• Prendre en main la plateforme en ligne, ses principaux modules et les modèles toxicocinétiques ou de bioaccumulation disponibles.
• Réaliser des études de cas à partir de scénarios d’exposition et de jeux de données pertinents pour l’évaluation des risques chimiques.
• Analyser les simulations, confronter lorsque cela est possible les prédictions à des données disponibles, identifier les limites d’utilisation et synthétiser les résultats sous une forme directement exploitable.
• Participer à la préparation de nouveaux modèles pour leur intégration : vérification des codes, des paramètres, des formats d’entrée et de sortie, ainsi que des exemples associés.
• Réaliser des tests fonctionnels, consigner les anomalies et proposer des améliorations de l’interface, des sorties et de la documentation utilisateur.
• Contribuer à la rédaction de la documentation.

Expériences / Compétences

• Connaissances en modélisation, toxicologie, pharmacocinétique ou toxicocinétique et analyse de données
• Maîtrise ou bonnes notions de programmation sous R ; des connaissances en gestion de versions avec Git seraient appréciées
• Autonomie, travail en équipe, rigueur et organisation
• Capacité à apprendre rapidement et à s'adapter à de nouveaux environnements et technologies
• Bonnes capacités de rédaction en français et en anglais. 

Profil

Bac +5 : Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur en modélisation, toxicologie, pharmacologie, biostatistiques, bio-informatique ou domaine proche.

Divers

Durée : 6 mois, à partir de février 2027

Stage conventionné et en présentiel

Prise en charge des frais de transports sous conditions

Ce poste est ouvert aux personnes en situation de handicap.